আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালে রাজধানীর মতিঝিলের শাপলা চত্বরে ৫ মে ২০১৩ সালের হেফাজত সমাবেশের সময় সংঘটিত হত্যাকাণ্ড সংক্রান্ত রাষ্ট্রপক্ষের আনুষ্ঠানিক অভিযোগ দাখিল করা হয়েছে। সোমবার (২৭ জুলাই) ট্রাইব্যুনালের রেজিস্ট্রার কার্যালয়ে প্রসিকিউশনের একটি দল অভিযোগপত্র জমা দিলে দীর্ঘ তদন্তের পর মামলাটি বিচারিক পর্যায়ে প্রবেশ করে।
প্রসিকিউশন জানিয়েছে, অভিযোগপত্রে মোট ৪০ জনেরও বেশি ব্যক্তিকে আসামি করা হয়েছে; তাদের মধ্যে, প্রসিকিউশনের দাবির বরাতে, ক্ষমতাচ্যুত ও মৃত্যুদণ্ডপ্রাপ্ত পলাতক সাবেক প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার নাম রয়েছে। তদন্তে সাক্ষ্য-প্রমাণ, ভিডিওচিত্র, আলোকচিত্র, নথিপত্র ও প্রত্যক্ষদর্শীদের জবানবন্দি বিশ্লেষণ করে প্রতিবেদন প্রস্তুত করা হয় এবং সেটি যাচাই-বাছাই করে ট্রাইব্যুনালে দাখিল করা হয়েছে। প্রসিকিউশন দাবি করেছে তদন্তে শাপলা চত্বরকে কেন্দ্র করে মোট ৫৮ জন নিহত হওয়ার পরিচয় নিশ্চিত হয়েছে; তাদের মধ্যে ঢাকায় ৩২, নারায়ণগঞ্জে ২০, চট্টগ্রামে ৫ এবং কুমিল্লায় ১ জন নিহত হয়েছে।
রিপোর্টে আরও বলা হয়েছে ঘটনাটিকে আঢাল করার চেষ্টা করা হয়েছে; এই অভিযোগে সাংবাদিক মোজাম্মেল বাবু ও ফারজানা রুপার বিরুদ্ধে তথ্য গোপন ও কাহিনী ভিন্নদিকে প্রবাহিত করার অভিযোগ আনা হয়েছে। প্রসিকিউশনের ভাষ্য অনুযায়ী ঘটনার পরপরই একাত্তর টিভিতে প্রচারিত ‘সমীকরণ’ শীর্ষক একটি প্রতিবেদন বিভ্রান্তিকর তথ্য ছড়ানোর অংশ ছিল। এ পর্যন্ত মামলায় নয়জনকে গ্রেফতার করা হয়েছে, তাদের মধ্যে আছেন সাবেক পররাষ্ট্রমন্ত্রী ডা. দীপু মনি, সাবেক স্বরাষ্ট্র প্রতিমন্ত্রী শামসুল হক টুকু, মেজর জেনারেল (অব.) জিয়াউল আহসান, সাবেক আইজিপি এ কে এম শহীদুল হক, সাবেক ডিআইজি মোল্যা নজরুল ইসলাম, শাহরিয়ার কবির, সাবেক ডিআইজি আবদুল জলিল মণ্ডল, এবং সাংবাদিক মোজাম্মেল বাবু ও ফারজানা রুপা। অভিযোগটি হেফাজতের নেতা আজিজুল হক জুনায়েদ আল হাবিব ও মাওলানা মামুনুল হকের পক্ষে দাখিল করেন; প্রথমে ২১ জনকে আসামি করা হয়েছিল, পরে তদন্ত শেষে আসামির সংখ্যা ৪০ ছাড়িয়েছে।